从2011年起，阿里巴巴集团上现出一个互联网公司快速变化的鲜明特征3年里，阿里巴巴几度重组架构。
2011年6月，阿里巴巴集团将淘宝网分拆为三个公司淘宝网、淘宝商城和一淘。7个月后，阿里再次宣布，淘宝商城更名为天猫，要走平台线月，阿里巴巴集团又宣布，将现有子公司的业务升级为阿里国际业务、阿里小企业业务、淘宝网、天猫、聚划算、一淘和阿里云七个事业群。
也正是这一年的7月，阿里巴巴集团公告称，原聚划算总经理阎利珉因涉嫌非国家工作人员受贿罪被杭州警方刑事，案件正在调查中。公告称，这也是阿里集团就聚划算贪腐事件交出的一份答卷。
2013年1月，阿里巴巴宣布对集团现有业务架构和组织进行相应调整，成立25个事业部，具体业务发展将由各事业部总裁（总经理）负责，从战略到运营层面为阿里巴巴集团的健康、稳定和可持续发展提供保障。
两个月后，阿里巴巴集团董事局宣布，任命陆兆禧为阿里巴巴集团CEO，马云则辞去CEO职位，属蛇的属相婚配表专任董事局。在交的晚会上，马云决然地在舞台上回身走了，坚定、干脆，没有丝毫犹豫。
不过，马云对阿里巴巴的内部治理仍相当重视。他在“江湖情”中表示：“公司成长就是人和组织成长发展的过程。首先要用对人，但任何人都有不足之处，需要组织架构去补上，人和组织还必须因左右内外部的变化而变化。”
他还认为，公司在人和组织调整发展过程中，既不能只重视个人能力，也不能制度和组织保障，人和制度组织结合才是最关键的要素。